"Dezvoltarea unei noi tehnici de segmentare a sirurilor ADN"

  • PN II Resurse Umane Tinere Echipe, contract nr. 90/04.08.2010, acronim TE_97
  • Perioada de implementare: decembrie 2011 - decembrie 2014
  • Institutia coordonatoare: INCDSB
  • Rezumatul proiectului:

    ADN microarray-urile reprezinta o tehnologie complexa utilizata in biologia moleculara si medicina pentru a monitoriza simultan schimbarile nivelurilor de expresie a mai multor gene. In prezent, microarrayurile au multiple aplicatii: sa identifice gene a caror expresie se schimba ca raspuns la patogeni sau alte organisme prin compararea expresiei genei din celulele/tesuturile infectate cu cele din celule/tesuturi neinfectate; pentru a compara expresia genelor din profilele tumorale de la pacientii bolnavi de cancer; sau expresia genelor din profilele bolilor de inima. De asemenea, au aplicatii importante in cercetarea clinica si farmaceutica.

    Obiectivul acestui proiect este de a construi o tehnica de segmentare a arrayurilor ADN care sa functioneze mai bine decat metodele deja folosite. Am prezentat deja o tehnica preliminara de segmentare intr-o publicatie ISI recenta si ne-am propus sa imbunatatim aceasta tehnica si, totodata, sa o comparam cu tehnicile de segmentare existente, subliniand diferentele. Acest lucru va necesita o importanta analiza statistica pe baza rezultatelor generate prin diferite metode, precum si implementarea metodelor, background in biologie si, bineinteles, instrumentele bionformatice necesare. Pe scurt, proiectul va necesita experti din statistica, matematica, informatica si biologie, intr-o colaborare cu adevarat interdisciplinara.

    Pe termen lung, prevedem ca proiectului ar putea conduce la elaborarea unei metode de segmentare care ar putea asigura rezultate cantitative ale experimentelor cu ADN arrayuri (in acest moment primim, mai degraba, semnale calitative ale relatiei gena-boala). Ne asteptam ca rezolutia imaginilor obtinute in urma experimentelor cu ADN arrayuri sa creasca si in consecinta sa conduca algoritmii propusi la o imbunatatire semnificativa, spre deosebire de metoda de segmentare affymetrix. Aceasta va conduce la rezultate cantitative, care pot avea un impact semnificativ in ceea ce priveste procesele celulare.