"SISTEM BIOINFORMATIC PENTRU ANALIZA CONFORMATIEI PROTEINELOR"

Acronim: BIOSIS

Rezumatul proiectului

Proiectul urmareste conceperea, testarea si optimizarea unui sistem bioinformatic destinat studierii conformatiei proteinelor. Cunoasterea modului in care o proteina isi stabileste conformatia nativa sau sufera abateri de la aceasta este primul pas in determinarea cauzelor moleculare care genereaza anumite boli (Alzheimer, Parkinson, diabet de tip II, amiloidoze etc.) cat si pentru conceperea rationala a tratamentelor. Modelarea detaliata a fenomenului de asamblare a atomilor intr-o structura proteica poate oferi informatii valoroase, dificil sau chiar imposibil de obtinut pe alte cai decat simularea moleculara. Metodele de simulare a conformatiei proteinelor aplicate in prezent sunt in plina dezvoltare, si au nevoie de resurse hardware si software performante pentru a scurta durata simularilor (care poate ajunge la luni sau chiar ani) si pentru a asigura acuratetea stiintifica a rezultatelor. Pentru a studia fenomenul de impachetare a unei proteine, secventa de aminoacizi de interes biologic este prelucrata utilizand banci de date, metode statistice si mecanica moleculara. De aceea, bioinformatica proteinelor rezulta ca un domeniu puternic interdisciplinar, care-si extrage baza de cunoastere din biologie, chimie, fizica, informatica si matematica. Sistemul realizat in cadrul acestui proiect va integra aparatura hardware performanta pentru simulare si vizualizare, si programe software completate cu subrutine optimizate pentru simularea si analiza conformatiei proteinelor. El va fi testat si optimizat strategic utilizand secvente proteice selectate pe principii biochimice. Sistemul bioinformatic va fi disponibil pentru pregatirea tinerilor studenti, masteranzi sau doctoranzi, atat pe parcursul desfasurarii proiectului, cat si dupa finalizarea acestuia.

Obiectivele generale si specifice ale proiectului

Obiectivul generalal proiectului este conceperea si realizarea unui sistem bioinformatic pentru investigarea prin simulare moleculara a conformatiei proteinelor si realizarea unei retele interdisciplinare (bioinformatica, biotehnologie, biochimie, matematica) de centre cu experienta in domeniul simularilor pentru cresterea competitivitatii cercetarii nationale.
Obiectivele specificeale proiectului deriva din obiectivul general:
O1. Obtinerea ansamblului hardware si software necesar sistemului bioinformatic;
O2. Obtinerea modelului functional al sistemului bioinformatic;
O3. Testarea si optimizarea performantelor sistemului bioinformatic pentru simularea conformatiei proteinelor;
O4. Diseminarea informatiilor si cresterea vizibilitatii nationale si internationale a cercetarii romanesti din domeniul bioinformaticii;
O5. Pregatirea tinerilor cercetatori atrasi in proiect si pregatirea ulterioara a masteranzilor si doctoranzilor in domeniul bioinformaticii

Institutia coordonatoare, eventual cu sigla institutiei si datele de contact

INSTITUTUL NATIONAL DE CERCETARE-DEZVOLTARE pentru STIINTE BIOLOGICE

Contact:
             Adresa:
                    Splaiul Independentei nr. 296, sector 6, cod 060031
                    C.P. 17-16, Bucuresti - Romania
              Telefon: 021-220.77.80
              Fax: 021-220.76 95
              e-mail: office@dbio.ro

Componenta consortiului

CO - Institutul National de Cercetare-Dezvoltare pentru Stiinte Biologice - INCDSB, cu sediul in Splaiul Independentei 296, Cod 060031, tel: 0212200880, fax: 0212207695, e-mail: office@dbio.ro, inregistrata la Registrul Comertului nr. J40/189/1997, cod fiscal RO 3324060, cont bancar IBAN: RO41TREZ7065069XXX001771, Trezoreria sector 6, reprezentata prin DIRECTOR GENERAL SIDOROFF Manuela Elisabeta, Director economic SANDRU Vladimir si Director de proiect BUTU Marian, telefon: 021-220.77.80, fax: 021-220.76 95 , email: marian_butu@yahoo.com,

P1 - Centrul de Biochimie Aplicata si Biotehnologie BIOTEHNOL, cu sediul in Bucuresti, Cod 011464, tel: 0213180468, fax: 0213180468, cod fiscal 15333240, cont bancar IBAN: RO23RNCB0085005785870001, BCR-WTC, reprezentata prin PRESEDINTE Gheorghe CAMPEANU, Contabil sef Laura IOSUB si Responsabil de proiect Gabriela LUTA, tel: 0213180468, fax: 0213180468, email: glutza@yahoo.com,

P2 - Universitatea din Bucuresti, cu sediul in Bucuresti, bd M Kogalniceanu nr.36-46, Cod 050107, tel: 0213077300, fax: 0213077354, e-mail: cercetare@unibuc.ro, inregistrata la Registrul Comertului nr. 4505502, cod fiscal 4505502, cont bancar IBAN: RO68TREZ7055003XXX000088, Trezoreria SECTOR 5, reprezentata prin RECTOR Prof. Dr PC?nzaru Ioan, Contabil sef ec. Albu Adrian, Responsabil de proiect Conferentiar dr. Stefanescu Stefan, tel. 0726079342, Fax: 021-3158391, email: stefan_corneliu2005@yahoo.com,

P3 - Institutul de Matematica "Simion Stoilow" al Academiei Romane, cu sediul in Calea Grivitei, 21, Cod 010702, tel: 021-319.65.06, fax: 021-319.65.05, e-mail: Radu.Purice@imar.ro, inregistrata la Registrul Comertului nr. (infiintat prin HG 255 / 1990), cod fiscal 4382523, cont bancar IBAN: 4382523, Trezoreria Sector 1, reprezentata prin DIRECTOR Dr. Vasile Brinzanescu, Contabil sef Ec. Gabriela Pahonea si Responsabil de proiect Dr. Radu Purice, tel. 021-319.65.09, Fax: 021-319.65.05, email: Radu.Purice@imar.ro,

Autoritatea contractanta (finantatoare a proiectului)

Centrul National De Management Programe - CNMP
Unitatea Executiva pentru Finantarea Invatamantului Superior, Cercetarii, Dezvoltarii si Inovarii (UEFISCDI)

Durata proiectului

              01/10/2008 - 30/09/2011

Etapele proiectului si rezultatele obtinute

Etapa I. Instalarea si compatibilizarea resurselor hardware si software in vederea realizarii sistemului bioinformatic pentru simularea conformatiei proteinelor
Organizatia executanta: INCDSB
Termen predare: 19.01.2009
Rezultate:
- studiu asupra metodelor de dinamica moleculare;
- sistem hardware pentru simularea dinamicii moleculare;
- 1 capitol de carte;
- 1 comunicare stiintifica.


Etapa II. Elaborarea partiala a modelului pentru simularea dinamicii moleculare
Organizatia executanta: INCDSB
Termen predare: 10.12.2009
Rezultate:
- model preliminar simularea dinamicii moleculare;
- contractarea a doua proiecte internationale in domeniul proiectului;
- intrarea intr-o retea internationala prin proiectul COST MP 0802;
- 1 articol publicat in revista recunoscuta;
- 1 articol trimis spre publicare in revista cotata ISI;
- 1 articol ISI in manuscris.


Etapa III Realizarea sistemului bioinformatic
Organizatii executante: INCDSB, IMAR
Termen predare: 15.11.2010
Rezultate:
- modelul sistemului bioinformatic;
- modelul final al simularii dinamicii moleculare;
- subrutine pentru experimentele de simulare;
- pregatire seminar pentru a facilita comunicarea intre cercetatori din domeniile stiintelor vietii si matematicieni;
- 2 cereri de brevet inregistrate;
- 2 articole publicate in reviste cotate ISI;
- 1 articol acceptat spre publicate in revista cotata ISI;
- 1 articol in manuscris;
- 1 articol publicat in revista idexata in baze de date internationale;
- 1 capitol de carte acceptat spre publicare in strainatate;
- 3 comunicari la manifestari stiintifice internationale;
- 3 comunicari la manifestari stiintifice nationale.


Etapa IV Experimentarea si optimizarea sistemului bioinformatic pentru simularea conformatiei proteinelor
Organizatii executante: INCDSB, BIOTENHOL, FM-UB, IMAR
Termen predare: 1.10.2011
Rezultate:



Legaturi utile

Institutul National de Cercetare si Dezvoltare in Stiinte Biologice
Centrul de Biochimie Aplicata si Biotehnologie - BIOTEHNOL
Facultatea de Matematica si Informatica a Universitatii Bucuresti
Institutul de Matematica "Simion Stoilow"
Centrul National de Management Programe
Unitatea Executiva pentru Finantarea Invatamantului Superior, a Cercetarii, Dezvoltarii si Inovarii
Autoritatea Nationala pentru Cercetare Stiintifica Marian BUTU
Splaiul Independentei nr. 296, sector 6, cod 060031
C.P. 17-16, Bucuresti - Romania
Telefon: 021-220.77.80
Fax: 021-220.76 95
e-mail: marian_butu la yahoo punct com