“Sisteme de membrane, automate si proteine”

  • PN II Resurse Umane RP 13, contract nr. 2/2007
  • Perioada de implementare: octombrie 2007 – septembrie 2009
  • Institutia coordonatoare: INCDSB
  • Rezumatul proiectului: Directia de cercetare a proiectului este in mare parte in bioinformatica, cu doua directii principale de cercetare care se vor completa reciproc. Prima directie de cercetare va fi in aria sistemelor de membrane; in aceasta directie planuiesc sa studiez puterea computationala a modelelor anterior definite sau a celor noi, inspirate de felul in care celulele proceseaza informatia in mod compartimentalizat. Unul din modelele recent introduse de catre Directorul Proiectului foloseste felul in care lucreaza proteinele de la nivelul membranei. Acest model a fost publicat intr-o conferinta internationala prestigioasa de Informatica teoretica (DLT2006 tinuta la University of California-Santa Barbara, cu proceeding-ul intr-un jurnal ISI), si o a doua lucrare in aceeasi directie de cercetare a fost publicata intr-un al doilea jurnal ISI. Modelul este interesant lucru aratat si de faptul ca lucrarea originala a obtinut deja mai multe citari. Aceasta arie de cercetare este vasta si necesita mai mult timp investit pentru clarificarea proprietatilor importante ale modelului. Planuiesc sa continui lucrul in aceasta directie, dar si sa consider alte modele din zona majora de cercetare a sistemelor de membrane, (nu doar considerarea sistemelor cu proteine pe membrane). Proteinele reprezinta ligantul cu a doua directie de cercetare a proiectului, cercetarea in zona Automatelor Finite (mai precis Automatele Cover) aplicate in genomica. Voi lucra pe probleme legate de complexitatea algoritmilor similari cu algoritmul lui Hopcroft (folosit la minimizarea automatelor finite), si anume, considerand diferentele de complexitate dintre variantele care implementeaza cozi sau stive in algoritm. Aceasta este o problema importanta in general, dar in mod particular, pentru cazul genetic (atunci cand vorbim de siruri de ADN lungi de mii de litere) este important sa putem avea o executie cat mai rapida a minimizarii. Tot in aceasta directie se plaseaza si cercetarea in directia nullomerilor.